А) Если вы сдаёте декларацию (сумма к вычету) на бумаге, то у вас её просто не примут, а отправят в отдел камеральных проверок, который выдаст вам длинный список документов, которые вы должны ему представить. Проверка длится 3 месяца и 25 дней. Проверяют все расчётные счета, все банки, всех контрагентов. В общем, мало не покажется...

Б) Если вы сдаёте декларацию по электронной почте, то эти суммы попадают на специальный учёт (Реестр НДС, можно увидеть с помощью программы КриптоПро) на вашем лицевом счёте - до проверки. В первую очередь, конечно, проверяют тех, у кого к вычету показаны большие суммы - миллион и выше. Остальные ждут своей очереди. Поскольку сотрудников в инспекциях не хватает, очереди можно ждать бесконечно. Но эти вычеты к вам на лицевой счёт без проверки не попадут! Соответственно, будут капать пени. Тоже - бесконечно.

Что делать?

Никогда впредь не показывать в декларации по НДС сумму к вычету (товар приходовать в отчётном месяце, а НДС принимать к вычету в следующем месяце - типа, забыли).

Если такие декларации уже были в этом году - сделать уточнённые, в которых будет хотя бы рубль к уплате.